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表から検索（組織変遷表：樺太庁）
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- 樺太庁1907年4月新設
- 樺太庁長官
- 樺太庁長官官房
- 第一部1913年12月廃止→内務部へ改編
- 第二部1913年12月廃止→拓殖部へ改編
- 第三部1913年12月廃止→警察部へ改編
- 内務部1913年12月新設
- 会計課1918年6月財務課に改編→1927年6月再設置
- 財務課1918年6月新設
- 地方課1918年6月新設
- 学務課1927年6月新設
- 土木課1936年12月交通部へ移管
- 通信課／逓信課1918年6月逓信課に改編→1936年12月交通部へ移管
- 調査課1936年12月樺太庁長官官房より移管
- 林務課1914年11月拓殖部より移管→1918年6月拓殖部へ移管→1924年12月拓殖部より再度移管→1927年6月農林部へ移管
- 鉱務課1914年11月拓殖部より移管→1918年6月拓殖部へ移管→1927年6月再設置→1932年農林部へ移管
- 殖民課1914年11月拓殖部より移管→1918年6月拓殖部へ移管→1924年12月拓殖部より再度移管・殖産課に改編→1927年6月殖民課と鉱務課に分けられ殖民課は農林部へ移管
- 水産課1914年11月拓殖部より移管→1918年6月拓殖部へ移管→1924年12月拓殖部より再度移管→1932年農林部へ移管
- 水産物検査所1924年12月拓殖部より移管
- 度量衡所1924年12月拓殖部より移管
- 拓殖部1913年12月新設→1914年11月廃止・内務部へ統合→1918年6月再設置→1924年12月再度廃止
- 農林部1927年6月新設→1937年7月廃止→殖産部へ改編
- 警察部1913年12月新設
- 樺太庁支庁
- コルサコフ支庁／大泊支庁1908年4月大泊支庁に改称
- ルウタカ出張所／留多加出張所／留多加支庁1909年10月留多加出張所に改称→1922年10月留多加支庁に改編→1924年12月留多加支庁廃止→留多加出張所再設置
- ウラジミロフカ支庁／豊原支庁1908年4月豊原支庁に改称
- ガルキノウラスコエ出張所／落合出張所1909年10月廃止
- シスカ出張所1908年12月敷香支庁に改編
- 元泊出張所1913年6月敷香支庁より移管→1922年10月元泊支庁に改編
- マウカ支庁／真岡支庁1908年4月真岡支庁に改称
- クスンナイ出張所／久春内出張所1909年10月久春内出張所に改称→1913年6月久春内支庁に改編
- ナヤシ出張所1913年6月名好支庁に改編
- 海馬島出張所1908年7月廃止
- 本斗出張所1909年10月新設→1922年10月本斗支庁に改編
- 泊居出張所1909年6月新設→1913年6月久春内支庁へ移管
- 名好支庁1908年12月新設→1913年6月久春内支庁名好出張所に改編
- 鵜城出張所1909年10月新設→1913年6月久春内支庁に移管
- 敷香支庁1908年12月新設
- 元泊出張所1909年10月新設→1913年6月豊原支庁へ移管
- 久春内支庁1913年2月新設→1918年10月泊居支庁に改編
- 泊居出張所1909年6月新設→1918年10月泊居支庁へ改編
- 名好出張所1913年2月名好支庁を改編
- 鵜城出張所／鵜城支庁1913年6月名好支庁より移管→1918年10月泊居支庁に移管→1922年10月鵜城支庁設置→1924年12月鵜城支庁廃止・鵜城出張所再設置
- 泊居支庁1918年10月新設
- 元泊支庁1922年10月新設
- 本斗支庁1922年10月新設
- コルサコフ支庁／大泊支庁1908年4月大泊支庁に改称
- 樺太庁鉄道事務所1909年6月新設
- 樺太庁農事試験場1909年6月新設→1929年9月廃止・中央試験所へ統合
- 樺太庁水産試験場1909年6月新設→1929年9月廃止・中央試験所へ統合
- 樺太庁中央試験所1929年9月新設
- 樺太庁観測所1918年6月新設
- 樺太庁臨時森林作業所／樺太庁森林作業所1922年5月新設→1927年7月森林作業所に改称→1930年1月廃止→林務署に改編
- 林務署1930年1月新設
