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終戦連絡中央事務局交通部の下部機関。1946年4月1日の官制改正（勅令第199号）により、従来の第三部第二課が交通部海運課に改称され、業務が継承された。海運・港湾・航空・気象に関する事務を掌るとされ（「終戦連絡中央事務局分課規定」第11条、1946年3月15日改正）、主に引揚船の手配や入港等に伴う連絡・折衝を担当した。

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荒敬編『日本占領・外交関係資料集　第一巻』柏書房、1991年、15・41頁