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台湾総督府港務局は、1943（昭和18）年11月30日、台湾総督府税関に代わる形で、台湾総督府港務局官制により設置された。同官制により港務局は、船舶造船船員航路その他の水運（航路標識を除く）、港湾、港内の行政警察、臨港倉庫に係る倉庫営業、関税噸税出港税及び輸出入貨物の内国税、保税地域、輸移出入貨物及びそれに関する船舶航空機の取締と貨物の収容、税関貨物取扱人、外国為替管理法の施行、家畜伝染病予防及び畜牛結核病予防のための検疫検査、海港検疫、砂糖の消費税に関する事項を所管した。港務局は基隆と高雄に置かれ、各局の下には支局と出張所が置かれた。各局の下には総務部、運営部、築港部が置かれ、総務部には総務課、関税課、警務防空課、勤労課、運営部には業務課、船舶課、検疫課、埠頭課、築港部には経理部と技術部がそれぞれ置かれた。

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「台湾総督府港務局官制」1943年11月30日勅令第901号、Ref. A03010093900台湾総督府編『台湾統治概要』1945年、4-5頁。