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台湾総督府税関は、台湾の通関業務を掌る組織である。1896年3月30日、勅令第92号により設置。当初は淡水・基隆・安平・台南・打狗の5港に税関が置かれたが、直後に台南税関が廃止、さらに1901年4月10日の勅令第49号で2港に縮小されることになり、台湾北部（淡水のち基隆）・南部（安平のち高雄）にそれぞれ税関が設置された。また台湾総督の判断に応じて税関出張所ないしは税関支署・税関監視署を置くこととされた。当初は通関業務に加えて通航業務も担っていたが、次第に通関業務のみとなった。1943年11月30日、勅令第901号によって港務局が設置されたことに伴い、廃局。

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御署名原本・明治二十九年・勅令第九十二号・台湾総督府税関官制（A03020233200）。御署名原本・明治二十九年・勅令第三百八十六号・台湾総督府税関官制第一条中改正削除（A03020262600）。御署名原本・明治三十四年・勅令第四十九号・台湾総督府税関官制改正（A03020495200）。御署名原本・大正十年・勅令第三百五十一号・台湾総督府税関官制中改正（A03021341400）。御署名原本・昭和九年・勅令第一八三号・台湾総督府税関官制中改正（A03021946100）。御署名原本・昭和十八年・勅令第九〇一号・行政機構整備実施ノ為ニスル台湾総督府港務局官制制定ノ件（A03022879400）。