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商工課は、1908（明治41）年7月の台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程の改正（訓令第109号）による殖産局農商課の分割で設置された。商業、工業、水産に関する事項、そして博覧会・共進会・品評会や博物館・陳列館に関する事項を所掌した。同年8月に殖産局事務分掌規程改正によって商工課には商務係、工務係、水産係を置いた。1910年7月に分掌規程改正で庶務係が追加された。1918（大正7）年6月に分課規程改正で商工課の担当してきた水産関連事務は新設の水産課に委ねられた。同年7月に分掌規程改正で商工課は再編され、商事係、工務係、調査係、監理係、権度係、博覧会係が置かれた。1919（大正8）年8月、台湾総督府官制改正（勅令第393号）によって台湾総督府民政部が廃止されたため、民政部殖産局商工課から殖産局商工課となった。

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台湾総督府『府報』第2480号、1908年7月19日、46頁。台湾総督府『府報』第2495号、1908年8月6日、20－21頁。台湾総督府『府報』第3007号、1910年7月21日、43－45頁。台湾総督府『府報』号外、1918年6月6日、1頁。台湾総督府『府報』第1617号、1918年7月24日、80頁。勅令第393号は、A03021213300。

立川連・課長心得（1909年5月1日現在）／立川連（1913年7月1日現在）／田阪千助（1915年5月1日現在）