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台湾総督府民政部文書課は、1898（明治31）年6月に台湾総督府官制改正により民政局が民政部に再編された後、台湾総督府民政部分課規程により、かつての民政局総務部文書課を引き継ぐ形で設立された。同分課規程では、民政部文書課は、公文書類及び成案文書の接受発送、統計報告の調製、公文書類の編纂保存、という3項目に関する事項の他、他課の主管に属さない事項を所管していた。1901年11月に台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程が定められると、民政部文書課の所管業務は新設された台湾総督官房文書課に引き継がれた。

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「台湾総督府民政部分課規程」（1898年6月30日台湾総督府訓令第149号）、『台湾総督府報』第317号、1898年6月30日、85-86頁。「台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程」（1901年11月11日）『官報』第5542号、1901年12月21日、524-525頁。

木村匡（1899年2月1日現在）／加藤尚志・衛生課長兼務（1901年4月1日現在）