戦時の最高統帥機関。1904（明治37）年2月皇居に設置された。1903年12月戦時大本営条例改正に基づき、参謀総長及び海軍軍令部長が天皇の幕僚長となった。参謀総長は大本営陸軍幕僚及び陸軍諸機関を統督し、帷幄の職務に奉仕して陸軍の作戦を参画奏上し、勅裁の後これを陸軍各独立指揮官に伝達する任を担った。また参謀総長と海軍軍令部長は共に陸海両軍の策定協同を図る任を担った。明治天皇臨席の下で開かれた大本営御前会議には、大本営陸軍部と大本営海軍部のほか、桂太郎内閣総理大臣、小村寿太郎外務大臣、曾禰荒助大蔵大臣や元老等も列席した。1905年9月日露講和講和条約の成立を経て、同年12月大本営に復員が下令された。

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「御署名原本・明治三十六年・勅令第二百九十三号・戦時大本営条例改正」Ref： A03020584600。