1878（明治11）年12月参謀本部条例に基づき設置された天皇に直隷する陸軍の軍令機関。これにより、軍政、軍令双方を担ってきた陸軍省から軍令機能が分離された。参謀本部は、参謀本部長を長として総務課、管東局、管西局から構成される1課2局制とされ、各監軍部、近衛各鎮台の参謀部を統括した。初代部長は山縣有朋、本部次長は大山巌。1880年に電信課、1882年に海防局、1884年に測量局が設置された。1885年7月参謀本部条例改正により、管東・管西両局が廃止され、第1局、第2局が設置された。1886年3月参謀本部条例改正によって本部長を皇族とし、その下に陸軍部と海軍部が並列される陸海統一軍令管掌機関となった。1888年5月参軍官制の制定により、本部長が参軍、次長が本部長に、また従来の陸軍部と海軍部は各々陸軍参謀本部と海軍参謀本部に改称された。これにより、参軍の下に陸海両参謀本部が隷属する体制となった。1889年3月参軍官制が廃止され、また参謀本部条例の制定により、陸軍参謀本部が参謀本部に改編された。この際に参謀本部長は参謀総長に改称された。また海軍参謀本部が海軍参謀部に改編され海軍大臣に隷することとなったが、参謀総長が全軍の軍令を統轄した。1893年5月天皇に直隷する海軍軍令部が成立したことにより、海軍の軍令機関が陸軍の軍令機関から独立した存在となり、陸軍と海軍の軍令機関が二元的に並立する体制となった。同月戦時大本営条例が制定され、参謀本部条例の戦時規定は大本営に移されて、平時の任務規定のみが参謀本部の所轄となった。また参謀総長は在外国公使館付陸軍武官を統轄することとなった。1896年5月参謀本部条例改正により副官部、第1部から第4部、編纂部から成る6部編制となった。1899年1月総務部が新設された。

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「参謀本部條例　12月5日」Ref：C09060318400、「参謀本部条例改正」Ref：A15111026400、「参謀本部条例ヲ改正ス」Ref：A15111150000。