1888（明治21）年12月陸軍軍医学校条例（勅令第97号）に基づき、現在の東京都千代田区に設置された。在職医官を召集し、軍陣衛生事項の実験考究と、医官候補生及び薬剤官候補生を教成すると定められた。校長は軍医監が補任され、陸軍省医務局長に隷属した。幾度かの条例改正を経て、1922（大正11）年3月勅令第57号の改正により陸軍軍医学校令が公布された。学生に対して衛生部の勤務に必要な学術を習得させ、軍陣医学及び軍陣薬学を研究し、軍事衛生に関する試験を行い、また陸軍衛生の業務に従事する者の教育に必要な図書を編纂した。また学術教育、軍陣医学及び薬学研究に資するため一般患者の診療を行い、さらに軍隊に必要な細菌学的予防品及び治療品の製造を行うとされた。教育部、研究部、診療部及び防疫部が置かれ、校長は陸軍大臣に隷属した。同年4月軍令陸乙第6号の平時編制改正で、校長は軍医総監または軍医監が補任されると定められた。

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「御署名原本・明治二十一年・勅令第九十七号・陸軍軍医学校条例」Ref：A03020028700、「御署名原本・大正十一年・勅令第五十七号・陸軍軍医学校条例改正」Ref：A03021372500。