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文部省大臣官房は、1885年12月28日に内閣制度が定められたことにより設置された。1886年2月27日に定められた各省官制通則により、大臣官房は大臣親展の文書、機密、官吏の進退身分、に関する事務の他、大臣の官印及び省印の看守を管掌した。1891年8月16日には各省官制通則と文部省官制の改正が行われ、これにより総務局と会計局が廃止されることになり、大臣官房は従前の業務に加え、公文書の起草・接受発送・保存、会計・官有財産、公立学校職員の進退身分、教員検定、教育用図書検定、図書の編纂、教員の退隠料・遺族扶助料、海外留学生、訴願に関する事項を管掌するようになった。1897年10月9日の官制改正では、さらに高等教育会議、学校衛生顧問会議、博覧会、褒賞に関する事項を管掌するようになった。1900年5月20日からは各省官制通則の改正により官房と総務局が分けられたが、1903年12月5日には再統合された。

明治 ＞ 教育 ＞ 文部省 ＞ 文部大臣 ＞ 文部大臣官房

文部省編『明治以降教育制度発達史』（教育資料調査会、1964-1965年）、第3巻1006-1053頁、第4巻959-1031頁、第6巻579-651頁

官房長：木場貞長（1900年5月20日-1900年10月30日）／重岡薫五郎（1900年10月30日-1901年6月5日）