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文部省専門学務局は、1881年10月24日の文部省達により、官立学務局と地方学務局が廃止されるとともに設置された。同達により専門学務局は、大学校、専門学校、農学校、商業学校、職工学校、高等師範学校、学士会院、海外留学生など、高等教育及び特殊教育に係る事務を管掌した。1883年9月1日には文部省専門学務局事務取扱規則が定められ、局下に取調係、庶務係、記録係が設けられた。1885年2月9日、専門学務局は廃止され学務一局に引き継がれたが、同年12月28日には学務一局が普通学務局を引き継いだ学務二局と統合されて学務局となり、さらに1887年10月5日には学務局が専門学務局と普通学務局に再分割された。1897年11月1日には専門学務局が高等学務局と実業学務局に分割されたが、1898年11月1日には専門学務局に再統合され、1900年4月1日には専門学務局から実業学務局が再分割された。

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文部省編『明治以降教育制度発達史』（教育資料調査会、1964-1965年）、第2巻1-85頁、548-613頁、第3巻1006-1053頁、第4巻959-1031頁

浜尾新（1887年10月5日-1893年3月30日）／牧野伸顕・局長事務取扱（1893年3月31日-1893年6月19日）／木下広次（1893年6月19日-1897年6月28日）／木下広次・兼任（1893年6月28日-1897年8月2日）／菊池大麓・兼任（1897年8月2日-1897年10月9日）／高田早苗・兼任（1898年11月1日-1898年11月24日）／上田万年（1898年11月24日-1901年6月25日）／上田万年・兼任（1901年6月26日-1902年3月27日）／松井直吉（1902年3月27日-1905年2月28日）／福原錂二郎（1905年2月28日-1911年9月1日）／福原錂二郎・兼任（1911年9月1日-1912年4月4日）／松浦鎮次郎（1912年4月4日-1924年1月9日）　高等学務局長：菊池大麓・兼任（1897年10月9日-1897年11月12日）／菊池大麓・局長事務取扱（1897年11月17日-1898年1月18日）／松井直吉・兼任（1898年1月18日-1898年8月24日）／高田早苗・兼任（1898年8月24日-1898年10月31日）