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1946（昭和21）年5月11日、GHQは覚書「保健及厚生行政機構改正ニ関スル件」により、機構改正を指示。衛生局の責任事項を「公衆衛生（母性、小児及成人ノ衛生）、衛生教育、人口統計及栄養ノ各事項」とし、医療局の責任事項を「一般事項（医事、救護計画）病院ノ行政、療養所ノ行政、医務、薬務（配給）、製薬（細菌学的製材ヲ含ム）及薬品ノ規正化」とした。また、予防局を新設し、その責任事項を「衛生工事急性伝染病ニ関スル事項」とするよう求めた。これを受けて11月5日、衛生局及び医療局を廃止し、公衆保健局、医務局、及び予防局を新設した。公衆保健局には、健康増進に関する企画、衛生に関する調査、国立公園や温鉱泉に関することを担当する調査課、保健所及び保険婦、国民体力法及び優生、浴場・理容場・劇場等の衛生に関することを担当する保険課、栄養、飲食物の衛生、屠場及び屠畜に関することを担当する栄養課を置いた。1947（昭和22）年3月19日、社会局援護課や公衆保健局が担当の児童に関する事務の一部を移管し、児童局を新設。1948（昭和23）年2月14日、国立公園部を新設し、国立公園の管理、温鉱泉に関すること、観光事業の指導等の事務を担当する管理課と、国立公園の計画及び指定、休養地の計画、調査及び統計に関すること等の事務を担当する計画課を置いた。1931（昭和6）年9月19日に内務省に設置された国立公園委員会は、厚生省移管後、戦争の影響で1941（昭和16）年に廃止。終戦当時、国立公園の係官は嘱託一人という状況であった。しかし、GHQの指令に基づく陣容の建て直しや、観光事業に熱心な一松定吉厚生大臣が閣議で国立公園局設置を強調したこともあって、国立公園部の設置が認められた。1948（昭和23）年7月15日、「薬事法」の全面改正（7月29日）による薬務局の新設に伴い、予防局と公衆保健局の所管事項を調整し、公衆保健局を公衆衛生局と改めた。

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厚生省五十年史編集委員会『厚生省五十年史（記述篇）』財団法人厚生問題研究会、1988年、625-626、630-632頁。Ref. A13111035900