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海上保安庁は港・湾・海峡,その他の日本沿岸水域において海上の安全を確保し、並びに法律違反を予防・操作・鎮圧するため、1948年（昭和23）5月1日に運輸省の外局として設立された。当初は長官官房、保安局、水路局、灯台局が置かれ、また、所掌事務を分掌する海上保安本部が全国九箇所（横浜・名古屋・神戸・広島・門司・舞鶴・新潟・塩釜・小樽）に設置され、海上保安本部の事務を分掌する海上保安部が全国十五箇所（清水・大阪・高知・高松・境港・浜田・福岡・佐世保・長崎・厳原・鹿児島・大分・八戸・船川・函館）に設置された。これまで運輸省で不法入国や密貿易の取り締まりをおこなってきた海運総局不法入国船舶監視本部や掃海業務をおこなってきた海運総局掃海管船部は保安局に移管された。1949年（昭和24） 6月1日、警備救難部が新設され、他の部局も局制から部制へと変更。掃海業務は警備救難部掃海課へ移管された。1950年（昭和25）2月6日付の「戦時中の作戦より生じた爆発物および弾薬兵器の処理に関する件」（SCAPIN-2077）による日本政府あての覚書で、掃海のほかに沈船や航路障害物の除去､ 海中にある一切の爆発物の処理および陸上にある機雷処分の任務を新しく所掌することとなったため、同年6月1日、海上保安庁に航路啓開所が置かれ、内部に航路啓開本部が設置された。同時に本庁組織も改編され、長官官房を総務部、保安部を海事検査部にそれぞれ改称するとともに、船舶技術部が新設、また、この機構改定にともない全国の海上保安本部が第一から第九の管区海上保安本部に変更された。同年、朝鮮戦争が勃発すると機雷除去のため、占領軍の要請により海上保安庁から日本特別掃海隊が派遣された。同年7月、マッカーサー最高司令官から海上保安庁の強化が要請されると警備力の増強が計画され、1952年（昭和27）、「海上保安庁法の一部を改正する法律」（昭和27年4月26日法律第97号）の公布により、海上保安庁内に海上警備隊が設置された。しかし、8月1日に保安庁が発足すると保安庁所管の警備隊として分離され、これは後に海上自衛隊となった。なお、この時に掃海業務も保安庁に移管された。2001年の中央省庁再編により国土交通省が設立されると、その外局となり現在に至る。

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Ref：海上保安庁法（A13111011000）、海上保安本部設置（A13111010900）、警備救難部設立（A13111195700）、海上保安庁機構改正（A13111362700）。マッカーサー書翰（A15060078900）「海上保安庁組織規程」（『官報』号外、1949年6月15日）、改定「海上保安庁組織規程」（『官報』第7052号、1950年7月15日）、海上幕僚監部防衛部『航路啓開史』（海上幕僚監部、1961年）