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宗教行政はこれまで内務省社寺局の所管であったが、1900年（明治33）4月、神社神道は国家の宗祀として他の宗教と一線を画すため、神社局と宗教局とに分離された。そして、神社神道と宗教との分離をさらに明確化する必要から宗教行政を文部省に移管することが決まり、1913年（大正2）6月13日、内務省宗教局は廃止され、文部省宗教局が設置された。当初は第一課と第二課が置かれ、教派・宗派・協会・僧侶・教師その他宗教に関する事項、寺院・仏堂に関する事項、古社寺保存に関する事項を管掌し、神社を除く全国の宗教団体を管轄した。1924年（大正13）12月22日、第一課は宗務課、第二課は古社寺保存課に改称され、1928年（昭和3）12月1日、古社寺保存課は保存課に改められた。宗教局は1942年（昭和17）11月1日に行政簡素化に伴う官制の改革に際して改組され、教化局となり、局内に総務課・宗教課・文化施設課が置かれた。

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Ref：内務省宗教局（A03020457500）、文部省宗教局（A03020971300）、教化局官制（A03022764800）「文部省分課規程」（『官報』265号、1913年6月1日）、「文部省分課規程」（『官報』3704号、1924年12月25日）、「文部省分課規程」（『官報』581号、1928年12月04日）、文部省『学制百年史』（帝国地方行政学会、1972年）、大澤広嗣「宗教団体法制定と文部省宗教局長の松尾長造」（『仏教文化学会紀要』22号、pp.28-65、2013年）