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1943年（昭和18）に戦時体制の強化のため、農林省と商工省が再編され、農商省と軍需省に改編された。農商省農政局は、農事及び農産物、畜産及び畜産物、耕地、農業保険及び家畜保健、肥料（化学肥料についてはその生産数量、配給及び守秘）ならびに飼料に関する事務を掌る。局内には農政課、経営課、肥料統制課、耕地課、農産課、特産課、畜産課、飼料課、農業保険課の９課が設置された。農政課では農政上の諸般の調査のほか、鉱業等による農業被害、河水統制及び農業水利の調査等に関する事務を掌った。経営課では、分村計画及び移住、修練農業及び農民訓練、積雪地方農村経済調査所に関する事項を所掌。残る課ではそれぞれ、肥料の需給統制、国営開墾の実施や災害復旧その他応急施設、農場試験場、甘藷及び馬鈴薯の改良増殖、家畜衛生、飼料の需給及び配給の統制、農業保険及び家畜保健とその特別会計に関する事項を所掌した。終戦後の1945（昭和20）年８月26日、農商省は廃され農林省が復活するとともに、農政局の行政機構も改編された。

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農林大臣官房総務課編『農林行政史』第１巻、財団法人農林協会、1957年、330－339頁。「農商務省・農林省・農商省・農林水産省機構変遷図（その２）」『国史大辞典11』吉川弘文館、1990年、390-391頁。