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1943年（昭和18）に戦時体制の強化のため、農林省と商工省が再編成され、農商省と軍需省に改編された。農商省大臣官房においては秘書課、文書課、統計課、会計課の４課が設置された。秘書課では機密、官吏の進退身分、大臣及び次官の官印並びに省印の保管、傭外国人、褒賞、儀式典礼に関する事務を掌った。文書課では公文書の接受及び発送、各局部課成案の文書審査及び進達、公文書の編纂及び保存、官報掲載、図書の保存及び刊行に関する事務を、統計課では統計調査、会計課では経費及び諸収入の予算及び決算、会計監査、営繕等に関する事務を掌った。終戦後の1945（昭和20）年８月26日、農商省は廃され農林省が復活するとともに、大臣官房の行政機構も改編された。

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農林大臣官房総務課編『農林行政史』第１巻、財団法人農林協会、1957年、330－334頁。「農商務省・農林省・農商省・農林水産省機構変遷図（その２）」『国史大辞典11』吉川弘文館、1990年、390-391頁。