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戦時下体制に入ると軍需および関連産業資材として重要度が高い木材は統制措置が強化され、1939年（昭和14）9月に「用材生産統制規則」が発布され、あわせて「用材規格規程」が定められて規格の統制がはじまった。1940年（昭和15）1月13日には山林局に木材統制課が新設され、木材行政を監督することになった。木材統制課では木材に関する諸般の調査に関する事項、木材の生産・配給・消費に関する事項、木材統制法の施行に関する事項、用材の規格・検査に関する事項、用材の利用に関する事項を所掌した。10月には「用材配給統制規則」が発布され、統制機関による配給が始まった。12月には用材統制委員会が木材の統制について答申し、それを受けて1941年（昭和16）6月に木材統制委員会が設置され、同月「木材統制法」（昭和16年3月13日法律第66号）が施行、中央では日本木材株式会社、各道府県では地方木材株式会社が木材の配給をおこなうとされ、木材の生産配給の統制が強化された。1943年（昭和18）11月、農林省が農商省に改編されると、所掌する事項は企画課および木材課に分割された。

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Ref：昭和17年11月1日改正農林省分課規程（C13120749200）、木材統制委員会官制（A03022618700）、木材統制法（A03022546900）、農商省官制（A14101097800）農林大臣官房総務課編『農林行政史』第五巻（農林協会、1963年）、「農林水産省百年史」編纂委員会編『農林水産省百年史』中巻（「農林水産省百年史」刊行会、1980年）