師団は、日本陸軍の常備兵団における最大の編制単位。日露戦争中の1905（明治38）年、既存の全ての師団が戦地に派遣され、日本国内に駐留する師団がなくなったため、4個師団が新設された。第16師団はその一つであり、1905年7月に編成され、1907年3月に衛戍地が京都に決定された。初代師団長は山中信儀。第16師団は、歩兵第18旅団（敦賀）と歩兵第19旅団（京都）で構成され、隷下に歩兵第9連隊（大津）と歩兵第19連隊（敦賀）、歩兵第38連隊（京都）と歩兵第53連隊（奈良）等が置かれた。1919（大正8）年から2年間、第16師団は満洲に駐箚した。シベリア出兵では、1919年に第16師団から歩兵第9連隊が派遣され、革命派パルチザン部隊と交戦した。1923年の関東大震災の際には、第16師団から工兵第16大隊と救護班が神奈川に派遣された。

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「第１６師団の南満洲に於ける配兵の件」Ref：C03022458800