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撫墾署は、台湾における撫育・開墾事務を取り扱った組織である。1896年3月30日、勅令第93号により台湾総督の管理下に設置。8名の主事（奏任）が、台湾総督府民政局長の指揮監督のもと、撫墾署長として①蕃民撫育・授産・取締に関する事務、②蕃地開墾に関する事務、③山林・樟脳製造に関する事務、に従事した。1898年6月18日、勅令第108号により廃局。その職掌は弁務署第三課に引き継がれた。

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御署名原本・明治二十九年・勅令第九十三号・台湾総督府撫懇署官制（A03020233300）。御署名原本・明治三十年・勅令第百六十三号・台湾総督府撫墾署官制改正（A03020290500）。御署名原本・明治三十一年・勅令第百八号・台湾総督府地方官官制改正台湾総督府撫墾署官制廃止（A03020340700）。