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会計課は、台湾総督府財務局の部署である。1901年11月9日、勅令第201号によって民政部に財務局が再設置されることになった。同年11月11日、台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程が制定され、財務局内に会計課が設置された。本規程によると、会計課の職掌は①総督府の会計・調度ならびに官有財産に関する事務、②賞勲年金・恩給支給に関する事務、とされた。

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御署名原本・明治三十四年・勅令第二百一号・台湾総督府官制中改正削除台湾総督府度量衡司検所官制廃止（A03020510400）。「台湾総督府官房並民政部警察本署及各局分課規程」（『官報』第5542号、1901年12月21日、524～525頁）。

峡謙齊・主計課長兼務（1902年5月1日現在）／阿部滂・主計課長兼務（1911年5月1日現在）／菊池武芳（1916年5月1日現在）／辰野亀男（1918年5月1日現在）