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1945（昭和20）年８月26日、戦時行政機構の平時態勢への改編により、大東亜、軍需、農商の三省を廃して、農林・商工の両省の復活が決定し、翌26日に農商省から農林省に復活した。新たな農林省官制下で発足した大臣官房は、同年10月26日に分課規程が改められた。終戦時、農商省大臣官房にあった秘書課、文書課、会計課、統計課の４課のうち、そのまま引き継がれたのは会計課のみである。残る３課が廃され、新たに秘書課が設けられ２課制となる。秘書課では、機密、官吏の進退身分、大臣及次官の官印並びに省印の保管、傭外国人、褒賞、儀式典礼に関する事務を掌った。会計課では、経費及び諸収入の予算及び決算並びに会計、会計の監査、国有財産及び物品、営繕、省内取締に関する事務を掌った。1949（昭和24）年６月１日、「日本経済安定の９原則」に端を発した強力な経済安定計画（ドッジ・ライン）の実施に伴う行政機構の改革において総務局が廃止されると、その所掌事務は大臣官房が吸収し、新たに官房長が置かれた。この時、大臣官房は全11課制となり、業務の幅も拡大した。秘書課では機密や人事、官印の管守、褒賞を掌った。総務課では、重要政策の統合調整や企業の振興を掌り、文書課では公文書の接受や保存、官報掲載などを担った。会計課では経費や営繕を、厚生課では職員の給与、衛生、福利厚生、教養及び訓練を担った。調査課では重要政策に関する諸般の調査や農林畜水産物の輸出入に関する連絡調整を行い、物資調整課では物資の割当、配給、輸送に関する事務を掌った。検査課では農林中央金庫に関する業務や農林負債整理、金融債権整備を行う農林金融課、農林畜水産物の規格や調査会を担い、渉外課では連合軍総司令部（ＧＨＱ）及び外務省との連絡、渉外事務に関する省内の連絡を行った。そして弘報課では農林畜水産業の普及と世論調査を所掌した。1978（昭和53）年７月５日、農林省は農林水産省へ改称し、農林水産省大臣官房となった。

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農林大臣官房総務課編『農林行政史』第6巻、財団法人農林協会、1972年、11-16、73-76頁。「農商務省・農林省・農商省・農林水産省機構変遷図（その２）、（その３）」『国史大辞典11』吉川弘文館、1990年、389-391頁。