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1940（昭和15）年10月3日に近衛内閣によって閣議決定された「日満支経済建設要綱」の具体化を促進するため、1941（昭和16）年2月25日の閣議決定により内閣の管理下に設置された。なお、日満支経済協議会という呼称の協議会は、1941年2月の閣議決定以前、すなわち1939年10月頃から存在していたが、それと閣議決定によるものに何らかの連続性があったかどうかは不明である。閣議決定により正式に設置された方の日満支経済協議会は、日満支経済建設要綱に基づいて総合計画を審議することとされた。同協議会の会長は企画院総裁が務め、委員には企画院次長・対満事務局次長・興亜院政務部長、および関係各省次官・満洲国関係官が当てられた。同協議会の事務局も企画院に置かれたが、これが示すように同協議会の設置は企画院がイニシアチブを取って進めたものであった。なお、事務局員は各関係官庁（企画院・対満事務局・興亜院・陸海軍・満洲国等）から派遣されることとされた。同協議会事務局の管掌事項としては、日本・中国・満洲国に関わる経済開発計画や交通計画の設定、計画設定方針の策定、緊急事項の連絡調整、経済建設進捗状況の報告等があった。日満支経済協議会は明確な廃止の決定がなされた形跡は見当たらないが、、その機能が1942（昭和17）年2月21日に設置された大東亜建設審議会の経済関連部会に吸収される形でその活動を停止したと推測される。

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「日満支経済協議会設置ニ関スル件」（Ref：A03023596000）。松本俊郎「第2次大戦期の戦時体制構想立案の動き―「美濃部洋次文書」にみる日満支経済協議会，大東亜建設審議会の活動―」『岡山大学経済学会雑誌』25（1・2）、1993年。