1946年3月8日にサイゴンの南方軍総司令官寺内寿一により発せられた南方軍命令威命第455号に基づき、東京に設置された。南方軍連絡部長には海軍少将中堂観恵が任命され、連絡部長は総司令官の命に基づき連絡部を指揮し、内地関係機関との密接な連絡を保持するとともに、南方軍部隊の復員に関する諸事項を統轄することとされた。具体的な業務内容としては、南方軍本土帰還輸送の促進（航洋船舶・病院船等の獲得）、南方軍と中央関係機関との連絡交渉、帰還将兵の職業斡旋および補導があった。

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『昭和二一、三、八～二一、五、一〇　南方軍復員関係発簡綴　南方軍連絡部』（防衛研究所戦史研究センター所蔵：文庫-柚-232）