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台湾事務局はもともと内閣に設置されていたが、1898年2月20日施行の「台湾事務局官制中改正」（勅令第24号）により、内務省の所管に移され、台湾事務局長は内務大臣の命令あるいは内務次官の指揮に従い、一切の事務を管理することとされた。内務省の台湾事務局には、内閣に設置されていた際と同様、局長1名（勅任）・書記官3名（奏任、すべて専任）が置かれた。1898年3月23日の「台湾事務局分課規程」に拠ると、台湾事務局には第一課・第二課・第三課が置かれ、第一課は台湾の地方行政および地方経済・予算経理・税務に関する事項、第二課は司法行政・警察および監獄・衛生・外国および外国人に関する事項、第三課は教育・土木・殖産・運輸交通・他課の主管に属さない事項を取り扱うこととされた。その後、1898年11月1日施行の「内務省官制改正」（勅令第259号）により、台湾事務局官制は廃止され、台湾総督府に関する事務は内務大臣官房台湾課に移管された。

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「内務省官制改正台湾事務局官制及明治二十七年勅令第六十六号（内務省土木技監設置ノ件）廃止（勅令第259号）」（アジ歴Ref：A03020355800）。「台湾事務局分課規程」（『台湾総督府法規提要 上巻』アジ歴Ref：A06032527300）。山崎丹照『外地統治機構の研究』（高山書院、1943年）17頁。

野村政明（1898年2月20日-1898年10月8日）／鈴木充美・事務局長心得（1898年10月11日-1898年10月31日）