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内務大臣官房北海道課は、1898年11月1日施行の「内務省官制改正」（勅令第259号）により、北海道局を改編して設置された。同官制では内務大臣が北海道庁長官を監督することとされ（第一条）、内務大臣官房が北海道に関する事務を管掌することととされた（第二条）。内務大臣官房北海道課は、北海道の行政・経済に関する事項、北海道の行政・経済の監督に関する事項、北海道の拓殖移住奨励に関する事項、北海道の森林・原野・水産に関する事項、北海道庁提出の予算調査に関する事項を管掌することと規程された。内務大臣官房北海道課は、1900年5月20日施行の「内務省官制改正」（勅令第191号）により、総務局北海道課に改編となった。

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「内務省官制改正台湾事務局官制及明治二十七年勅令第六十六号（内務省土木技監設置ノ件）廃止」（勅令第259号、1898年10月22日、アジ歴Ref：A03020355800）。「内務省分課規程改定」（『官報』第4605号、1898年11月4日）。「内務省官制中改正削除」（勅令第191号、1900年5月19日、アジ歴Ref：A03020460300）。

白仁武