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太平洋戦争中、海運統制の一環として国家所有船（C船）の配船業務を担っていた船舶運営会は、敗戦後も引き続き同業務を担うこととなった。それに伴い、1942（昭和17）年3月に公布された「戦時海運管理令」も暫定的に延長されることとなった。敗戦後の占領期において、日本の海運はすべて連合国軍の管理下に置かれ、海運は船舶運営会による国営体制が敷かれることとなった。日本敗戦後、連合国軍の指令により、日本の全船舶がアメリカ太平洋艦隊（のち極東艦隊）司令官の指揮監督下に置かれることとなった。1945（昭和20）年10月10日には、連合国軍総司令部に「日本商船管理局（Naval Shipping Control Authority for Japanese Merchant Marine）」が設置され、日本艦船の総括的な管理体制が実施されることとなった。また、「日本商船管理局」の日本側のカウンターパートとして、「民間商船委員会（Civilian Merchant Marine Committee、略称CMMC）」の設置が命じられ、日本政府は船舶運営会をそれに当てることを提案し、連合国軍総司令部もそれを認可した。「民間商船委員会」は、「日本商船管理局」の指示に従い、配船・運航に関する事務を担い、帰還輸送（在外日本人の引揚）およびその他重要輸送を直営し、調査報告書を作成するなどの業務を行うこととなった。具体的には、占領軍用物資と輸出入物資については連合国軍総司令部が輸送計画を立て、「日本商船管理局」を通して「民間商船委員会」に指示し、それに基づき船舶運営会が配船することとし、日本国内の物資については輸送需要を運輸省海運総局が集中的に把握した上で、船舶運営会が配船計画を立てる仕組みであった。帰還輸送を除き、日本船舶の航行は日本沿岸にのみ許可され、それらもすべて船舶運営会が担ったが、1946（昭和21）年4月に小型客船、同年6月に機帆船（木船）の自由航行が解禁された。その後、1949（昭和24）年1月26日公布の「船舶運航管理令」により、100総トンを超える船舶が定期用船方式に切り替えられたが、船舶運営会は継続してそれら定期用船の運航を担った。しかし、海運の国家管理という方式の下で、船舶運営会への政府補助金の増大が問題となっていた。そして、1950（昭和25）年3月31日に「船舶運航令」が公布され海運の民営還元が完了すると、船舶運営会は「商船管理委員会」と改称され、その業務も帰還輸送・アメリカ船の運航・外航配船の管理が主となるなど組織も縮小された。最終的に、商船管理委員会は1952（昭和27）年3月31日に解散され、船舶運営会はその歴史に幕を下ろすこととなった。

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三和良一『戦後日本海運造船経営史①　占領期の日本海運』日本経済評論社、1992年、88～95・155～171頁。「ポツダム宣言の受諾に伴い発する命令に関する件（昭和二十年勅令第五百四十二号）に基く国家総動員法及び戦時緊急措置法を廃止する法律の一部を改正する政令」（Ref：A13111111400）。「商船管理委員会の解散及び清算に関する法律」（国立公文書館デジタルアーカイブ：御33819100）。