1941（昭和16）年3月15日に法律第74号として公布された。船舶保護法は、戦時事変その他に際し、日本の通商航海に脅威を受けるか、あるいは受ける恐れがあるとされた場合、敵襲および他の軍事的危害から船舶を保護することを目的として制定された。同法では、戦時事変およびその他の場合においては、運航業者・船舶所有者・船長に対し、海軍官憲は船舶の航海・碇泊・通信・装備・乗組員・乗客・積荷等について、海軍大臣は船舶の設備・乗組員の整備について、それぞれ必要なる指示を出すことができると規定された。上記の指示事項につき、海軍官憲および海軍大臣は運航業者・船舶所有者・船長に報告を出させることができ、必要な場合は臨検を行うことが可能とされた。また、運航業者・船舶所有者・船長が海軍官憲および海軍大臣の指示に従わなかった場合の罰則も規定されていた。船舶保護法は1942（昭和17）年2月17日に改正され、指示・臨検に関する海軍大臣の職権の一部を海務院長官が担うこととなった。

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