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戦局の悪化に伴い、船舶の減少とそれに起因する海上輸送能力低下に対応するため、1945（昭和20）年4月19日の最高戦争指導会議において「国家船舶及港湾一元運営実施要綱」が決定された。その内容は、大本営の下に海運総監部を設置し、陸軍徴用船（A船）・海軍徴用船（B船）、およびそれまで船舶運営会が担っていた国家使用船（C船）の配船業務を海運総監部の下に一元化するというものであった。これにより、100総トン以上の全船舶が海運総監部の管理下に置かれることとなった。海運総監部は同年5月1日に設置され、陸海軍・軍需省・運輸通信省海運総局・船舶運営会等の人員によって構成されており、総監には海軍大将・野村直邦が就任した。総監に海軍大将が就任したものの、実質は陸軍が海運総監部の指導権を握った。海運総監部の下には船舶司令部が置かれ、国家船舶一元運営の実務を担うこととなったが、同司令部は陸軍の影響が強い広島県宇品に置かれた。それに伴い、船舶運営会の運航の中心も宇品に移された。同年8月14日、海運総監部および船舶司令部は廃止となり、その業務は同月15日から運輸省海運総局と船舶運営会に移管された。

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「国家船舶及港湾一元運営実施要綱」（Ref：C12120235900）。寺谷武明『日本海運経営史３　海運業と海軍』日本経済新聞社、1981年、109～117頁。三和良一『戦後日本海運造船経営史①　占領期の日本海運』日本経済評論社、1992年、9頁。