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農商課は民政局殖産部の下に置かれた四課のうちの一つであり、農業及び水産業、そして商業及び工業の改良及び取締りを中心に担当した。1896（明治29）年4月に「民政局各部分課規程制定ノ件」により、農水産業及び商工業に加え、塩田や家畜の衛生、商事会社や同業組合、商業会議所、度量衡、博覧会共進会や列品所、殖産上の統計報告に関する事項、他課の主管に属さない事項を職掌すると定められた。1897（明治30）年10月に台湾総督府行政事務規定（訓令第136号）で民政局殖産部が民政局殖産課に改められた。民政局処務細則によって殖産課の四掛の一つとして農商掛が置かれた。1898（明治31）年6月の台湾総督府官制改正（勅令第106号）で民政局が民政部に改められ民政部殖産課になると（官房及民政部分課規程〔訓令第149号〕）、それまでの農商掛の事務は庶務掛、農商掛に引き継がれた（「殖産課事務区分及掛長任命許可」）。

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「民政局各部分課規程制定ノ件」は「台湾総督府档案」典蔵号：00000056002を参照。民政局処務規則については、「台湾総督府档案」典蔵号：00000211003。官房及民政部分課規程は「台湾総督府档案」典蔵号：00000315001。「殖産課事務区分及掛長任命許可」は「台湾総督府档案」典蔵号：00000241020を参照。

課長：高橋昌