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　内務省が新設されたのに伴い、文部省所管の衛生行政を移管したのが1875(明治8)年6月である。衛生局として設けられたのは同年7月17日である。医務課と衛生課(後に保健課)からなり、1897(明治30)年には伝染病予防法（法律第36号）が制定され、防疫課が設けられる。その後、1919(大正8)年に調査課が新設(1924年に保健課に合併、1921(大正10)年には予防課ができる。これにより、懸案であったコレラ、ペストなどの急性伝染病は防疫課、結核などは予防課が管掌した。この間の衛生行政は、伝染病予防以外にも、寄生虫予防、母子保護など保健衛生、墓地や上下水道など環境衛生、食品衛生、また、公衆衛生として国立公園や温泉整備にも関係した。1938年、国民の体力増強による国防充実という陸海軍両省のねらいと、衛生行政の拡充という衛生局の目的が一致し、厚生省が新設され、衛生局は厚生省の所管となる。歴代の局長には、長与専斎、後藤新平、北里柴三郎などがいる。

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Ref:A15113180200、Ref:A03033638400。大霞会『内務省史』 第3巻、1971年、213頁。｢内務省中第七局を廃シ第三局中事務ヲ分チ准刻局衛生局ヲ設置ス｣(明治8年7月17日乙第91号)。